本性光明名「觉」，无明盖住名「迷」。无明愈盖愈厚，本性愈迷愈深，这样就失了自在，称作「烦恼」。其实无明与烦恼不是二事，无明是说因，烦恼是说果。
烦恼有「根本」与「随起」的分别。若按《百法明门论》来说，根本烦恼，共有六种，这是应该先知道的。一名「贪」，就是贪爱五欲六尘，不肯暂捨。二名「瞋」，就是有不如意的事，便发怒气，或是憎恶。三名「痴」，就是昏昏迷迷，不明事理。四名「慢」，就是自高自大，轻慢他人。五名「疑」，就是对於实事实理，犹豫不定，似信非信。六名「邪见」，就是颠倒邪正，谤无因果。
因為这些烦恼，迷住本性，以后起心动念，皆是烦恼来用事，自然多造作恶业，长受苦的果报。